某企業(yè)2013年企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)的應(yīng)納稅所得額為-120萬(wàn)元（假定以前年度均盈利并繳納企業(yè)所得稅）。2014年7月稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)該企業(yè)的2013年度納稅情況進(jìn)行稅務(wù)稽查發(fā)現(xiàn)如下問(wèn)題：
（1）2013年度6月企業(yè)以上年工資總額的10%標(biāo)準(zhǔn)為全體職工支付補(bǔ)充養(yǎng)老保險(xiǎn)，合計(jì)30萬(wàn)元，計(jì)入“管理費(fèi)用”，12月進(jìn)行賬務(wù)調(diào)整，將超過(guò)2013年職工工資總額的5%部分12萬(wàn)元調(diào)整計(jì)入“應(yīng)付職工薪酬-應(yīng)付職工福利費(fèi)”。因當(dāng)年實(shí)際發(fā)生的職工福利費(fèi)用未超過(guò)規(guī)定標(biāo)準(zhǔn)，2013年企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)時(shí)，未作納稅調(diào)整。
（2）2011年已作為“壞賬損失”稅前扣除的應(yīng)收賬款30萬(wàn)元，于2013年8月重新收回，企業(yè)將收到款項(xiàng)計(jì)入“其他應(yīng)付款”，2013年企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)時(shí)未繳納企業(yè)所得稅。
（3）2013年7月，拒收供貨方提供的預(yù)定貨物，向供貨方支付違約金4萬(wàn)元，企業(yè)計(jì)入“營(yíng)業(yè)外支出”，2013年企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)時(shí)未作納稅調(diào)整增加。
針對(duì)上述問(wèn)題，稅務(wù)稽查部門(mén)，作出如下決定，并于2014年8月制作《稅務(wù)處理決定書(shū)》、《稅務(wù)行政處罰告知書(shū)》通知該企業(yè)：調(diào)增該企業(yè)2013年度企業(yè)所得稅所得額46萬(wàn)元，分別為：超過(guò)當(dāng)年職工工資標(biāo)準(zhǔn)的5%補(bǔ)充養(yǎng)老保險(xiǎn)部分計(jì)12萬(wàn)元不允許在企業(yè)所得稅稅前扣除、以前年度已作資產(chǎn)損失當(dāng)年收回的30萬(wàn)元應(yīng)計(jì)入所得額、支付供貨方違約金4萬(wàn)元不允許稅前扣除。同時(shí)作出補(bǔ)稅、罰款和加收滯納金的決定：對(duì)調(diào)增的所得額按適用稅率應(yīng)補(bǔ)繳企業(yè)所得稅11.5萬(wàn)元，自2014年1月1日起按日加收萬(wàn)分之五的滯納金和按應(yīng)補(bǔ)稅額處以0.5倍的罰款。企業(yè)未提出聽(tīng)證的要求，稅務(wù)局下達(dá)《稅務(wù)行政處罰決定書(shū)》。
問(wèn)題：稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)該企業(yè)2013年企業(yè)所得稅作出的補(bǔ)稅（或追繳）、罰款和加收滯納金的處理有哪些方面不當(dāng)？并說(shuō)明理由。

2014年A企業(yè)在年度決算報(bào)表編制前，委托稅務(wù)師事務(wù)所進(jìn)行所得稅匯算清繳的審核。稅務(wù)師發(fā)現(xiàn)情況如下：（1）當(dāng)年4月收到從其投資的境內(nèi)居民企業(yè)B公司分回的投資收益5萬(wàn)元，A企業(yè)認(rèn)為該項(xiàng)屬于免稅項(xiàng)目。（2）當(dāng)年1月4日，購(gòu)買(mǎi)了上市公司C企業(yè)的流通股股票，6月10日，收到C企業(yè)發(fā)放的現(xiàn)金股利2萬(wàn)元，A企業(yè)認(rèn)為該項(xiàng)屬于免稅項(xiàng)目。
（3）將對(duì)D企業(yè)的一項(xiàng)長(zhǎng)期股權(quán)投資對(duì)外出售，取得了處置收益30萬(wàn)元，并計(jì)入了“投資收益”科目，A企業(yè)認(rèn)為該項(xiàng)也屬于免稅項(xiàng)目。
問(wèn)題：請(qǐng)判斷A企業(yè)上述做法是否正確，并說(shuō)明理由。